港航学院自2009年起开展工程专业教学模式改革，从加强校企军地合作方面入手，培养港航卓越工程师，取得了良好成效。
以行业企业和国防建设需求为导向，校企共同构建新时期港航领域创新型卓越工程技术人才的知识体系。与行业专家共同组建专业建设指导委员会，制订人才培养方案，实现校企合作培养学生工程实践能力贯穿四年教学过程。
以实现高质量工程教育为目标，校企共同组建满足卓越工程师培养要求的高水平多元化师资队伍。强调校内教师的工程背景，通过挂职锻炼或邀请工程技术人员来校培训，提高教师的工程实践能力。组建了24名的企业教师队伍，通过组织课堂教学观摩，利用远程教育平台开展教学培训，提高工程技术人员的教学能力。
以理论实践交叉融合为主线，校企共同实施从基础到专业的多元立体化。围绕工程实践能力培养，在传统教材中增加典型工程案例强化基于项目和案例的研究型教学，针对企业工程实践课程新编相关讲义。发挥校企合作优势，建设各类工程多媒体教学资源库，开设配套实验课，实现课件演示、课堂讲授、实验教学的有机结合。
以强化工程实践能力培养为目的，校企军地共同开展多模块层次化的实验实践条件建设。工程概念贯穿基础实验、专业实验和研究型实验三大模块，实现基本型、提高型和创新型三个层次的实验训练。与企业和海军共建实习实践基地28个，满足专业各方向参观实习、讲座培训和动手实践的需要。
经过多年建设，港航专业成为首批国家特色专业之一，入选“十二五”江苏省高等学校重点专业类，获批建设教育部卓越工程师教育培养计划专业、海军国防生卓越工程师教育培养计划专业。现有4个国家级实验教学中心、1个国家级工程实践教育中心，7门专业课程入选国家精品开放课程，3部专业教材入选国家级规划教材，6部专业教材入选全国水利行业规划教材，1部专业教材入选江苏省重点建设教材，6部专业教材被评为第一届全国高等学校水利类专业优秀教材。2013年港航专业全国首家通过了工程教育专业认证，并获得了6年认证有效期。（陈达）
